Como marcar la ruta en un mapa sin estropearlo

Pues esa es mi duda, ya tengo los mapas y el ploter. Pero ahora me aparece esa duda. Si marco en el propio mapa me lo cargo para próximas veces.
Cómo soléis hacer para marcar en el mapa y poder borrar?

Saludos

Hola,

yo escaneo la parte que me interesa, y creo una imagen del sector en el que voy a hacer el vuelo. Si voy a hacer un vuelo largo, creo varias imágenes.

Los trazos los marco en la propia imagen. Los cálculos los hago sobre el mapa.

Un saludo